Черепашки-ниндзя 3

Журналистка Эйприл находит на распродаже старинный японский скипетр и решает подарить его Сплинтеру. Вместе с ним она захватывает и другие сувениры для своих друзей мутантов, даже не подозревая, что редкий артефакт скрывает опасный секрет. Скипетр оказывается примитивным прототипом машины времени, которая срабатывает по особому принципу обмена массами между прошлым и настоящим.

Неожиданный всплеск энергии переносит Эйприл в феодальную Японию, вглубь эпохи самураев и клановых войн. Черепахи не раздумывая активируют устройство, чтобы выручить подругу, однако вместо храма, где должен храниться артефакт, оказываются в самом центре кровопролитного сражения. В суматохе Микеланджело отделяется от отряда и исчезает вместе со скипетром, лишая остальных единственного пути домой. Теперь Леонардо, Донателло и Рафаэль вынуждены не только освободить Эйприл из рук воюющих феодалов, но и разыскать потерянного брата. Параллельно в современном Нью-Йорке те, кто оказался заменен в результате временного обмена, пытаются разобраться в происходящем и не допустить новых сбоев, пока линия времени окончательно не вышла из-под контроля.